雖然將圖像分層制作較為方便，但某些時候可能需要合并一些圖層，就是把幾個圖層的內容壓縮到一個圖層中。要參與合并的層都必須處在顯示狀態。合并圖層的快捷鍵為〖CTRL E〗，在幾種情況下使用的效果也不同。

0533在只選擇單個圖層的情況下，按下〖CTRL E〗將與位于其下方的圖層合并，合并后的圖層名和顏色標志繼承自原其下方的圖層，如下左圖。

0534在選擇了多個圖層的情況下，按下〖CTRL E〗將所有選擇的圖層合并為一層，合并后的圖層名繼承自原先位于最上方的圖層。但顏色標志不能繼承。注意CS及更早版本需要將多個圖層進行鏈接后才可進行多圖層合并，合并后的圖層名以合并前處于選擇狀態的圖層為準。

0535如下圖所示，原先位于下方的“face”層由于和原先位于最上方的“nose”層合并，合并后的圖層還是位于最頂層，使得兩個眼睛都被其遮擋了。由于合并圖層會造成圖層層次的改變，因此合并后需要注意圖層的層次是否正確。

0536除此之外，還有兩個較少用到的合并命令，是針對全部圖層的整體操作。不需要事先選擇圖層。也可以點擊圖層調板的圓三角按鈕后選擇。

1：【圖層 合并可見圖層】〖CTRL SHIFT E〗，它的作用是把目前所有處在顯示狀態的圖層合并，在隱藏狀態的圖層則不作變動。

2：【圖層 拼合圖像】則是將所有的層合并為背景層，如果有圖層隱藏拼合時候會出現如下圖的警告框。如果按下好，原先處在隱藏狀態的層都將被丟棄。